2 Europäischen Naturschutzrichtlinien, die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (92/43/EWG) und die Richtlinie über die Erhaltung wildlebender Vogelarten (Vogelschutzrichtlinie, 79/409/EWG) verpflichten Österreich, Gebiete, die für den gemeinschaftlichen Umweltschutz der EU von Interesse sind, zu melden. Diese gelten dann als „vorgeschlagen“, werden seitens der EU bestätigt und in das Natura 2000 Netzwerk integriert.

Im Jahr 2004 erfolgte die Ausweisung des Nationalpark Kalkalpen zum Natura 2000 Europa Schutzgebiet.

 Schutzgebietsflächen im Nationalpark Kalkalpen. (Übersichtskarte)

Nationalpark Kalkalpen ein Natura 2000 Gebiet 

Die internationale Bedeutung des Nationalpark Kalkalpen ist aus Sicht der EU-Naturschutzrichtlinien hoch. So sind für dieses Natura 2000-Gebiet insgesamt 22 Lebensraumtypen nominiert, darunter gleich acht prioritäre. 
Die Vogelfauna ist mit 19 Arten im Anhang I ausgewiesen und bei den anderen Tieren sind demnächst etliche weitere Nachnominierungen vorgesehen, für deren Erhaltung ebenfalls besondere Schutzgebiete auszuweisen sind.
Als prioritäre Arten, das sind bedrohte Arten, für deren Erhaltung der Europäischen Gemeinschaft besondere Verantwortung zukommt, werden der Braunbär, der Alpenbockkäfer und der Russische Bärenfalter geführt. Beim Alpenbockkäfer, der im gesamten Mitteleuropa ausgesprochen selten geworden ist, schätzen Experten, dass österreichweit möglicherweise nur noch in der Region des Nationalpark Kalkalpen gute Bestände vorkommen.

Auf der Liste der aktuell am stärksten gefährdeten Wirbeltierarten, erstellt im EU-Programm „Stopp des Biodiversitätsverlustes bis zum Jahr 2010“, sind auch zwei im Nationalpark heimische Fledermäuse, die Kleine Hufeisennase und die Mopsfledermaus, angeführt. Erste Kartierungsergebnisse deuten auf beachtliche Bestände hin. Demnach würde der Nationalpark Kalkalpen für diese beiden weltweit stark bedrohten Arten ein höchst bedeutendes Rückzugsgebiet darstellen.

Aus Sicht des Alpenraumes beeindruckt die hohe Anzahl der so genannten Ostalpen-Endemiten, deren Vorkommen ausschließlich auf den Ostalpenraum Gefäßpflanzen, aber auch Käfer und Weichtiere, und vieles gibt es hier sicherlich noch zu entdecken. Dies gilt auch für Lokal-Endemiten, die ausschließlich im Nationalpark und in dessen näherer Umgebung vorkommen. Für den Schutz diese Arten kommt dem Nationalpark die höchste Verantwortlichkeit zu. Bekannt geworden sind bisher knapp zehn Arten, die alle in der kleinräumigen alpinen Region des Sengsengebirges sowie in den unterirdischen Kluft- und Höhlensystemen samt der Quellaustritten vorkommen:
ein Höhlenlaufkäfer und zwei Quellschneckenarten sowie mehrere in der kleinräumigen alpinen Region des Nationalparks lebende Arten, wie der Laufkäfer Leistus austriacus, der Rüsselkäfer Otyorynchus schaubergeri und zwei weitere Weichtierarten.Aus nationaler Sicht sind besonders die guten Bestände der Gelbbauchunke, des Weißrückenspechts und des Apollofalters hervorzuheben. Weiters das seit 1999 bestätigte durchgehende Vorkommen des Luchses und der Nachweis einer autochthonen Bachforellen-Population, bei der es sich um das einzige bekannte Vorkommen in Oberösterreich handelt. Von zentraler nationaler Bedeutung ist das bis heute nahezu unverbaut gebliebene 200 Kilometer lange Fließgewässernetz anzusehen sowie der seit einigen Jahren völlig aus der forstlichen Nutzung genommene Wald. So gelten in Österreich weniger als 20 % der Fließgewässer als unverbaut und nur mehr drei Prozent des Waldes als natürlich bzw. als forstwirtschaftlich weitgehend unbeeinträchtigt.

Die Rückkehr der Wildnis vollzieht sich in raschen Schritten.
Einst stark zurückgedrängte Arten, wie die Pilzkäferfauna, welche nur auf Baumpilzen auf stark vermoderndem Totholz vorkommen und somit urwaldähnliche Bedingungen benötigen, oder die fünf im Gebiet heimischen Hirschkäferarten, die an abgestorbenes dickes Laubholz gebunden sind, trifft man bereits heute wieder häufi ger an. Die im Gebiet zurückgekehrte Ruhe nutzen auch besonders störungsanfällige Arten, wie zum Beispiel der Steinadler, der derzeit mit mindestens drei Paaren im Nationalpark brütet.

Digitale Erfassung der Fauna

Der Nationalpark Kalkalpen beherbergt etliche Tausend verschiedene Tier- und Pflanzenarten. Um die Nachweise im Gebiet mit einem zeitgemäßen Instrument zu dokumentieren wurde im Jahr 2007 das Artenverwaltungsprogramm BioOffice im hauseigenen EDV-Netzwerk eingerichtet. Die Datenstandards konnten von der bereits etablierten Biodiversitätsdatenbank des Nationalpark Hohe Tauern übernommen werden, womit künftig auch detaillierte Vergleiche dieser beiden Schutzgebiete möglich sind. Wichtig war weiters die Kompatibilität mit der ZOBODAT-Datenbank am Biologiezentrum Linz. Die folgende Tabelle gibt einen Überblick über die im Gebiet des Nationalpark bestätigten heimischen Arten. Im Vergleich dazu ist auch der rezente österreichweite Artenbestand angegeben. (Stand: Dezember 2007)                                                                 

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