Alpine Region
Die alpine Region des Nationalpark Kalkalpen nimmt einen Anteil von 14 % des Schutzgebietes ein. Dabei entfallen auf alpine Grasmatten rund 1%, auf Fels und Steinhalden 5% und auf Latschenbestände (Legeföhre) 8%. Die alpine Region des Nationalpark Kalkalpen gilt als ein Zentrum für Ostalpen-Endemiten, Arten die weltweit nur im Ostalpenraum zu finden sind. Von den 18 in Oberösterreich bekannten, auf den Ostalpenraum beschränkten Gefäßpflanzen-Arten kommen im Nationalpark gleich 14 vor. Innerhalb der Tierwelt leben in der alpinen Region Arten, deren Verbreitung sogar weitgehend auf das Gebiet des Nationalpark Kalkalpen beschränkt ist. Bekannt sind insbesondere Vertreter innerhalb der Laufkäfer und Weichtiere. Eine Expedition im Jahr 2007 mit mehr als 20 Zoologen brachte erstaunliche Neuigkeiten zu Tage.
Alpine Grasmatten
Die tiefgründigen Grasmatten am ausgedehnten Nockplateau stellen, in Anbetracht des verkarsteten Toten Gebirges und dem Karststock Warscheneck, eine besondere Insel des Lebendigen dar. Im Frühling wird dies durch die Blütenpracht augenfällig. Im Spätsommer treten Gräser stark hervor und verleihen dem Nockplateau ein Tundra-artiges Aussehen. Wohl auch deshalb macht der Mornellregenpfeifer, ein typischer Vogel der Tundra, bei seinem alljährlichen Zug zwischen Nordafrika und dem europäischen Norden gerade hier im Nationalpark Rast. Dies zur Freude der Bergsteiger, denn dieser Vogel zeigt kaum Scheu vor dem Menschen und lässt sich so aus unmittelbarer Nähe beobachten. Ein typischer Ganzjahresvogel der alpinen Region ist das Alpenschneehuhn.
Schuttfluren
Dieser Lebensraum entsteht am Fuß von Felswänden in Kalkgebirgen. Der Untergrund (Haldenhang) der Schutthalde wird durch die Überdeckung vor weiterer Abtragung geschützt. Welche Vegetation sich auf diesen Standorten findet, wird vor allem durch die Intensität der Schuttbewegung, den Anteil an feinerem Schutt sowie durch Neigung und Exposition bestimmt. Nicht oder nur schwach bewegte Schutthalden mit höherem Feinerdeanteil können geschlossene Vegetationsdecken entwickeln, man spricht dann von sogenannten "Grünhalden". Sonnenausgesetzte Grobschutthalden mit geringem Feinerdeanteil sind hingegen oft völlig vegetationsfrei (Grauhalden). Je nach Aufbau der Schutthalden finden sich Pflanzen mit sehr unterschiedlichen Ansprüchen bezüglich Temperatur, Feuchte- und Nährstoffangebot. Dominierend sind langlebige Polsterpflanzen, kleine Horstgräser, aber auch nährstoff- und feuchtigkeitsliebende Arten wie verschiedene Steinbrecharten, Grau-Alpendost oder Alpen-Pestwurz und Farne. Eine zoologische Besonderheit der mehr oder weniger vegetationsfreien Schutthalden sind hoch spezialisierte, innerhalb der EU oft nur in Österreich vorkommende Laufkäferarten.
Kalkfelsen mit Felsspaltenvegetation
Zu diesem Lebensraumtyp zählen natürliche und naturnahe, waldreiche Karbonat Felsen in allen Höhenlagen, auf denen keine Bodenbildung stattfindet. Die Felshänge haben meist einen Neigungswinkel über 45 Grad, auf denen kein Lockermaterial liegen bleiben kann. Die Felswände können durch Klüfte, Steinschlagrinnen und Felsbänder gegliedert sein und so unterschiedliche Standortqualitäten in Hinblick auf Wärme- und Wasserhaushalt bieten. Extreme klimatische Verhältnisse wie große Temperaturschwankungen und starke Windwirkung sowie ein begrenzter Wuchsraum verhindern die Entwicklung einer geschlossenen Vegetation. Eine ökologische Besonderheit ist die starke Aufheizung der Felsen in sonnigen Tagen. Die Vegetation von Nord und Nordwest exponierten Felswänden unterscheidet sich stark von jener der Süd und Südwest exponierten Standorte. Die Vegetation besteht aus auf der Gesteinsoberfläche lebenden Algen und Moosen, im Gestein lebenden Flechten und Gefäßpflanzen, die in Felsspalten wurzeln. In diesen Habitaten konnten zahlreiche Reliktarten überdauern, viele davon sind so genannte Endemiten.