Amphibien
Mit Ausnahme des Alpensalamanders benötigen alle heimischen Amphibien zur Paarung, Eiablage und Aufzucht der Jungtiere stehende oder langsam fließende Gewässer, die sie regelmäßig zur Fortpflanzungszeit aufsuchen. Alle 15 in Oberösterreich nachgewiesenen Arten stehen auf der „Rote Liste der gefährdeten Amphibien (Lurche)“ und sind nach dem Oberösterreichischen Naturschutzgesetz streng geschützt.
Für den Nationalpark sind insgesamt sieben Amphibienarten bestätigt: Bergmolch, Teichmolch, Gelbbauchunke, Erdkröte, Grasfrosch, Feuersalamander und Alpensalamander. Drei weitere Arten kommen in unmittelbarer Nähe zum Nationalpark vor: Springfrosch, Teichfrosch und Alpen-Kammmolch. Innerhalb der sieben bestätigten Arten sind drei in der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH) ausgewiesen: Gelbbauchunke (Anhang II), Alpensalamander (Anhang IV) und Grasfrosch (Anhang V). Die drei individuenstärksten und am weitest verbreiteten Arten im Nationalpark sind Grasfrosch, Bergmolch und Erdkröte. Von überregionaler und internationaler Bedeutung schätzen Experten die guten Bestände der Gelbbauchunke ein.
Gelbbauchunke
In den intensiv genutzten Tallagen Mitteleuropas ist die Gelbbauchunke selten geworden und vielerorts bereits verschwunden. Dies gilt seit einigen Jahren auch für das Alpenvorland. Im Gebiet des Nationalpark Kalkalpen ist sie aber noch weit verbreitet und der intakte Bestand gewinnt zunehmend für Oberösterreich an Bedeutung.
Alpensalamander
Der auch "Bergmandl" oder "Tattermandl" genannte Alpensalamander lebt vor allem in mittleren und höheren Gebirgslagen und wir d in etwa 15 cm groß. Er braucht als einziger heimischer Lurch kein Gewässer zur Fortpflanzung, sondern bringt nach mehrjähriger Tragezeit zwei bis vier vollentwickelte Jungtiere zur Welt.
Reptilien
Bergeidechse
Die Bergeidechse zählt mit ihren rund 18 cm Länge zu den kleinsten Reptilien Österreichs.
Kreuzotter
Die Färbung der Kreuzotter ist sehr variabel, was eine eindeutige Beschreibung unmöglich macht. Sie kommt im Nationalpark komplett schwarz gefärbt und auch rotbraun mit bekanntem Zick-Zack-Band am Rücken vor.