Fische
Die bereits in Tallage und flach verlaufenden Bäche des Hintergebirges (unterer Abschnitt des Großen Baches und der Reichramingbach) werden zudem von der Äsche besiedelt. Als Bewohner der Gewässersohle tritt die Koppe auf, fehlt jedoch in Bächen mit starker Sedimentumlagerung. Besonders erwähnenswert ist das in Oberösterreich einzige Vorkommen von autochthonen Bachforellen, es handelt sich hier um die ursprünglich heimischen Donau-Stammformen.
Nahezu alle Fischerei-wirtschaftlich interessanten Bäche wurden vor Errichtung des Nationalparks langzeitig genutzt, lediglich einige kleine, sehr abgelegene Fließgewässer blieben verschont. Der Mensch bestimmte welche Arten und Rassen hier vorkommen sollten. Mit dem Bachsaibling und speziell mit der Regenbogenforelle wurden amerikanische Arten eingebracht. Letztere drängte sukzessive die heimischen Fischarten (insb. die Bachforelle) zurück. Zwar wurden auch Bachforellen regelmäßig und in hoher Zahl eingesetzt, nur wiederum nicht die standorttypischen Donau-Formen, sondern jene vom atlantischen Raum. Über viele Jahrzehnte hat sich so ein fremdartiger Fischbestand etabliert, der den Zielen des heutigen Nationalparks mit einer möglichst naturnahen, ureinheimischen Biozönose nicht gerecht wird. Aus diesem Grund startete die Nationalpark-Verwaltung ein ehrgeiziges Ausfischungsprogramm. Dies mit Erfolg, denn mittlerweile sind die Populationen mit den Fremdarten zusammen gebrochen und die heimische Fischfauna zählt wieder zu den naturnahesten in Oberösterreich.
Der Große Feichtausee, das einzige größere Stillgewässer im Nationalpark, war ursprünglich fischfrei. Durch den Besatz mit fremdländischen Forellen veränderte sich die Lebensgemeinschaft im See gravierend und nachhaltig. Die anspruchsvolleren Forellen sind mittlerweile verschwunden, gehalten hat sich jedoch die Elritze, ein Kleinfischart, die als Nahrung für die Forellen eingebracht wurde.